1. Cerrahi: Bowen hastalığı olguları çıkartıldığında, % 2-28 oranında altta yatan skuamöz (epidermoid) kanser olduğu belirlenir.
Miles ameliyatı: Makat kanseri için makat kaslarının (internal ve eksternal anal sfinkter) tutulması durumunda makat yok edilerek stoma veya kolostomi uygulanır ki bu girişime Miles ameliyatı, abdomino-perineal rezeksiyon, abdomino-perineal amputasyon adı verilir. Bu olgularda nüks oranı % 30-60 ve beş yıllık sağ kalım oranı % 25-60 arasındadır.
Lokal eksizyon: İki cm ve daha küçük çaplı makat kanserlerinde ise lokal eksizyon veya sadece tümörün çıkartılması yöntemi tercih edilmektedir ki, bu olgularda nüks oranı % 20-80 ve beş yıllık sağ kalım oranı % 45-85 arasındadır.

2. Radyoterapi (ışın tedavisi); 3,000 rad (günde 200 rad olarak 25 seans) verilir.

3. Kemoterapi (damardan kanseri yok etmeye yarayan ilaçların verilmesi): 5-fluorouracil, mitomisin

4. Imiquimod: bağışıklık sistemini değiştiren bir krem, özellikle HİV varlığında bölgesel olarak uygulanır.

5. Bölgesel (topikal) 5-fluorouracil krem: özellikle Bowen hastalığı tedavisinde etkilidir.

6. Koterle yakma: elektrokoagülasyon tekniği adı verilir, ve sorunlu bölgenin elektrik akımı ile yakılması prensibine dayanır.

7. Lazer tedavisi: CO2 lazer tedavisi ile tümörü yok etme prensibine dayanır.

Günümüzde sıklıkla radyoterapi ile kemoterapi birlikte verilir.