Karaciğer kanserinin nedeni kesin olarak bilinmemekle beraber hastalıktan sorumlu olduğu ve riski çok arttırdığı düşünülen bazı hastalıklar veya maddeler mevcuttur. Bunlar hepatit B ve hepatit C virüsüyle sarılık hastalığı geçirip virüs taşıyıcısı olmak, Karaciğer kanseri, bu tür virüs infeksiyonları görüldükten yıllarca sonra ortaya çıkabilir. Hepatit virüsleriyle yakınmanız olmadan da hastalığı geçirebilirsiniz ve ancak kan testleri ile hastalığı geçirdiğiniz anlaşılabilir. Karaciğer sirozu nedeniyle oluşmuş yara(siroz hastalarının %5’inde de karaciğer kanserine yakalanma riski vardır) , karaciğer adenomu, yiyeceklerde bulunan bazı karsinojenik maddeler, bazı ilaçlar ve hemakromatozis gibi metabolik hastalıklar, anabolik steroidlerin alımı,karaciğer yağlanması, ailede karaciğer kanseri öyküsü, tahıllarda yaşayan Aspergillus adı verilen mantarların ürettiği aflatoksin adı verilen zehirler, sigara kullanımı, içme suyunda bulunan bir zehir olan arsenik, diyabet, aşırı kilolu olma, zayıf bir bağışıklığa sahip olma ve bazı tip doğum kontrol haplarını kullanmak, alkol (her 3 karaciğer kanseri vakasından 1’i alkole bağlı olarak ortaya çıkmaktadır) karaciğer kanseri nedenleri arasındadır.